C'est une chauves-souris de taille moyenne. Son pelage est contrasté, d'un blanc immaculé presque lumineux sur le ventre et d'un gris brun, plus terne sur le dos. Les oreilles sont typiques, grandes et translucides. Elles laissent voir par transparence qu'elles sont parcourues par de fins vaisseaux capillaires. Le critère le plus caractéristique pour les oreilles vient du léger, mais net relèvement de leur pointe. Elles dépassent du museau et sont bien éloignées l'une de l'autre, encadrant le crâne. Le tragus est long et effilé. Autre critère évident, le museau du Natterer est pointu, toujours glabre, d'une couleur rose sombre à lie de vin, comme couperosé. En été, comme en hiver, le murin de Natterer est une espèce de fentes et de disjointements, on le découvre souvent en prospectant méthodiquement les fissures des souterrains, les cavités des ponts ou des arbres ou les interstices entre les poutres. C'est presque toujours "un bout" de l'animal qui apparaîtra à quelques centimètres du faisceau de la lampe. L'un des critères décrits plus haut peut alors se révéler précieux.