à la date du 17 mai 2006
Vespertilionidae
- Barbastella barbastellus, Schreber, 1775 : 1 animal entier, 4 crânes, 1 squelette ;
- Eptesicus serotinus, Schreber, 1774 : 15 crânes, 2 radius, 2 humérus, 1 omoplate, 1 clavicule, 1 squelette juvénile, 1 momie, 1 tête ;
- Miniopterus schreibersi, Kuhl, 1819 : 2 animaux entiers, 1 crâne ;
- Myotis bechsteini, Kuhl, 1818 : 39 crânes :
- Myotis capaccinii, Bonaparte, 1837 : 1 squelette ;
- Myotis daubentoni, Kuhl, 1819 : 37 crânes, 2 squelettes, guano ;
- Myotis emarginatus, Geoffroy St Hilaire, 1806 : 18 crânes, 1 momie, 1 squelette, guano ;
- Myotis myotis, Bokhausen, 1797 : 72 crânes, 1 mandibule, 5 squelettes, 6 momies, guano ;
- Myotis mystacinus, Kuhl, 1819 : 7 crânes, 3 squelettes, guano ;
- Myotis nattereri, Kuhl, 1818 : 305 crânes, guano ;
- Nyctalus lasiopterus, Schreber, 1780 : poils ;
- Nyctalus leisleri, Kuhl, 1818 : 1 crâne, 1 squelette ;
- Nyctalus noctula, Neuhauser & DeBlase, 1974 : 1 mandibule ;
- Pipistrellus kuhli, Kuhl, 1819 : 15 crânes, 2 squelettes ;
- Pipistrellus nathusii, Keyserling & Blasius, 1839 : 5 crânes, 1 squelette ;
- Pipistrellus pipistrellus, Schreber, 1774 : 116 crânes, 1 mandibule, 5 momies, 1 radius, 13 squelettes, guano ;
- Plecotus alpinus, Kiefer & Veith, 2001 : 1 animal entier en alcool ;
- Plecotus auritus, Linné, 1775 : 14 crânes, 2 squelettes ;
- Plecotus austriacus, Fischer, 1829 : 24 crânes, 1 animal entier, 9 squelettes, 5 momies ;
- Plecotus sp., Geoffroy-St-Hilaire, 1818 : 1 crâne, 1 spécimen entier en alcool, 4 momies ;
- Vespertilio murinus, Corbet, 1978 : 1 spécimen incomplet en alcool, 1 crâne.
Rhinolophidae
- Rhinolophus euryale, Blasius, 1853 : 1 crâne ;
- Rhinolophus ferrumequinum, Schreber, 1774 : 36 crânes, 2 squelettes montés, 1 momie, 12 mandibules, 1 squelette ;
- Rhinolophus hipposideros, Bechstein, 1801 : 3 crânes, 7 momies, 2 mandibules, 3 squelettes, guano.
Molossidae
- Molossus molossus, Geoffroy-St-Hilaire, 1805 : 1 spécimen entier en alcool ;
- Tadarida teniotis, Rafinesque, 1814 : 1 spécimen entier en alcool.
Phyllostomidae
- Artibeus jamaicensis, Leach, 1822 : 1 spécimen entier en alcool.
Pteropodidae
- Pteropus giganteus, Brünnich, 1782 : 2 spécimens entiers naturalisés, 1 crâne.